Skoči na vsebino

EuroCC in SLING

Vsebniki na superračunalnikih1 2

Uroš Lotrič, Davor Sluga, Ratko Pilipović
Univerza v Ljubljani, Fakulteta za računalništvo in informatiko

Raziskovalci se pogosto spopadajo z velikimi računskimi izzivi, na primer pri analizi velikih podatkov, fizikalnih simulacijah, računski kemiji, računski biologiji, napovedovanju vremena, simulacijah dinamike tekočin ipd. Za reševanje mnogih problemov je pogosto na voljo ustrezna programska oprema, ki pa jo je potrebno prilagoditi za izvajanjem na izbranem superračunalniku.

Na delavnici si bomo ogledali več načinov nalaganja programske opreme: v domačo mapo, preko okoljskih modulov in vsebnikov. Spoznali se bomo s konceptom virtualnih strojev in vsebnikov ter osvetlili razlike med zasnovo vsebnikov Docker in Apptainer. Naučili se bomo uporabiti že pripravljene vsebnike in na praktičnih primerih spoznali, kako zgraditi enostaven vsebnik Apptainer ter ga zagnati v superračunalniškem okolju. V nadaljevanju si bomo ogledali, kako v vsebnik vključiti podporo za grafične pospeševalnike in procesiranje na več vozliščih.

Delavnica bo praktično usmerjena, vaje bomo izvajali na modernem sistemu HPC.

Gradiva

Sestavni del delavnice so gradiva, objavljena na repozitoriju. Vsebino repozitorija lahko prenesete na svoj računalnik z ukazom

git clone https://repo.sling.si/dsluga/containers-hpc.git

Udeleženci

Delavnica je namenjena raziskovalcem, inženirjem, študentom in drugim, ki ste spoznali, da potrebujete več računskih virov, kot vam jih ponujajo običajni računalniki.

Zaželena predznanja

  • opravljena delavnica Osnove superračunalništva,
  • razumevanje zgradbe računalniške gruče,
  • delo preko odjemalca SSH (ukazna vrstica, prenašanje datotek),
  • osnovno poznavanje vmesne programske opreme Slurm,
  • osnovno znanje operacijskega sistema Linux in lupine Bash,
  • osnovno poznavanje programskega jezika Python.

Pridobljena znanja

  • poznavanje vmesne programske opreme Slurm,
  • uporaba obstoječih vsebnikov Docker in Apptainer,
  • gradnja lastnih vsebnikov Apptainer za izvajanje izbranih programov na superračunalniški gruči,
  • raba različnih računskih virov v okoljskih modulih in vsebnikih (procesorska jedra, grafični pospeševalniki, vozlišča).

  1. Gradivo je objavljeno pod licenco Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Deljenje pod enakimi pogoji 4.0 Mednarodna. ↩

  2. Delavnica je pripravljena pod okriljem evropskega projekta EuroCC 2, ki je namenjen vzpostavitvi nacionalnih kompetenčnih centrov za superračunalništvo. Več o projektu EuroCC 2 najdete na spletnih straneh SLING. EuroCC in SLING Projekt EuroCC 2 financira Evropska unija. Financiran je s sredstvi Skupnega podjetja za visokozmogljivo računalništvo (EuroHPC JU) ter Nemčije, Bolgarije, Avstrije, Hrvaške, Cipra, Češke republike, Danske, Estonije, Finske, Grčije, Madžarske, Irske, Italije, Litve, Latvije, Poljske, Portugalske, Romunije, Slovenije, Španije, Švedske, Francije, Nizozemske, Belgije, Luksemburga, Slovaške, Norveške, Turčije, Republike Severne Makedonije, Islandije, Črne gore in Srbije v okviru sporazuma o dodelitvi sredstev št. 101101903. ↩